Debido a su enorme riqueza biológica, varias partes del litoral han sido nombradas por la UNESCO y el gobierno de México Reservas de la Biosfera y Humedales con Reconocimiento Internacional. Albergan a 500 especies de vertebrados y a 336 especies de aves, incluyendo 35,000 flamencos rosados. Tienen playas y paisajes espectaculares, y sus villas de pescadores ofrecen los servicios turísticos básicos.
Al oeste del estado, Ría Celestún se compone de un enorme estero de 20 km. de largo que se visita en lancha con guías autorizados que se contratan en la entrada de Celestún. En el extremo norte, se congregan las numerosas colonias de flamencos rosados en busca de alimento. El flamenco rosa caribeño (Phoenicopterusruber ruber) es una de las aves más grandes, coloridas y bellas de mundo. Los visitantes vienen desde muy lejos para admirar a esta fabulosa ave milenaria en su entorno natural y extasiarse frente al espectáculo de una parvada que levanta el vuelo incendiando el cielo. Hábitat de muchas especies de avifauna tanto residentes como migratorias, Clestún es un paraíso para los observadores de aves y los fotógrafos de la naturaleza. Paseando por la ría y los canales se abren paso entre los manglares, se llega a los ojos de agua Valdiosera y Venecia, unos manantiales de agua cristalina, fresca y dulce, ideales para bañarse y practicar el esnórquel. El bosque petrificado de Tampetén, con sus árboles secos de formas caprichosas y su atmósfera fantasmal, es un gran atractivo de la zona.
Ría Lagartos, al otro extremo del estado, es otro santuario natural para las aves. Aquí, antes de emprender su viaje por el Golfo de México, las aves migratorias descansan por última vez y más de 289 especies de aves acuáticas se reproducen, entre ellas, los flamencos rosados: la cuenca de El Cuyo alberga la única colonia reproductora en tierra continental norteamericana. Navegar por el estero permite disfrutar del paisaje compuesto de manglares, pantanos y selvas bajas, y observar la abundante fauna: un cocodrilo que se desliza discretamente a la superficie del agua, una majestuosa cigüeña jabirú, un venado cola blanca, un tigrillo o el imponente jaguar. A lo largo del litoral al manso oleaje, se puede practicar el kayac. En los meses de verano, durante las noches de luna llena, las tortugas marinas –de las especies blanca y carey- vienen a desovar en las playas.
Frente a las costas de Puerto Progreso, el Arrecife Alacranes es la nueva ruta por explorar. Aunque un poco alejado del continente, sus 29 km. de arrecifes de asombrosa belleza y sus cinco islotes arenosos constituyen una aventura que vale la pena. Es una experiencia única para los buzos del mundo.