Instalado en una antigua casona que colinda con el zoológico Del Centenario, este museo fue recientemente restaurado y modificado, para reinaugurarse en 1995. Actualmente ofrece las salas del Universo (con una réplica de la Luna), y de las eras paleozoica, mesozoica y cenozoica, en las que se exhiben, respectivamente, las teorías de la tectónica de las placas terrestres y la aparición de los dinosaurios y del hom¬bre. Finalmente, se encuentra las salas de la "conciencia eco¬lógica" una de la selva media de la Reserva Ecológica Cuxtal y la otra del arrecife Alacranes El recinto también cuenta con sala audiovisual.