Pequeño museo instalado en lo que fue la antigua capilla de San Juan de Dios, se reinauguró en 1995. Actualmente incluye algunas de las piezas que tenía anterior-mente, correspondientes a la vida de Mérida entre los siglos XIV y XIX, entre ellas la escultura de piedra conocida como "El monifato", cuatro escudos de armas, tres placas de porcelana francesa, fichas de hacienda y un croquis de la Ciudadela de San Benito.

La visita se divide en: 'lchcoonzihó", "La colonia" (Mérida entre su fundación en 1542 y 1700) y la "Época del oro verde", correspondiente al auge henequenero.