La historia del Ateneo Peninsular puede comenzar en lo que fue el antiguo Palacio Arzobispal, anexo a la Catedral Meridana de San Ildefonso y situado en el costado oriente de la Plaza grande.
Su construcción comenzó en 1573, promovida por fray Diego de Landa, y fue concluida por el obispo Gonzalo de Salazar en el siglo XVII. Originalmente, y dado que era residencia de los obispos de Yucatán, estuvo comunicado directamente con la Catedral hasta principios del siglo XX, cuando fue construido el Pasaje de la Revolución.
Sobre la calle 60 se puede admirar la fachada decorada con ornamentos neoclásicos, con influencia francesa y elementos de orden dórico.
Con respecto al Pasaje Revolución, fue abierto en el lugar que ocuparon las capillas del Rosario y San José y que conectaban a la Catedral con el Palacio Episcopal. A ambos extremos del Pasaje se levantaron arcos triunfales con las fechas 1915-1918.
Desde los primeros meses del 2001, el gobierno municipal se dio a la tarea de reedificar los arcos triunfales y cerrar el espacio, que actualmente funciona como pasaje escultórico anexo al Museo de Arte Contemporáneo Ateneo de Yucatán (MACAY).