Mayapán fue erigida en 1221, tras la derrota de Chichén Itzá por Hunac Ceel, uno de sus propios gobernadores. Bajo sus descendientes los Cocom, la nueva capital de los itzáes dominó todas las provincias del norte y oeste de Yucatán durante 250 años.

La arquitectura de Mayapán recuerda su grande y más prestigiosa predecesora: el templo Kukulcán y el edificio redondo son réplicas de El Castillo y de El Caracol, pero en proporciones menores. Las excavaciones arqueológicas emprendidas por la Carnegie Institution de Washington revelaron que la ciudad amurallada estaba planeada contra todo ataque militar. Dentro del área cercada, se pueden ver los edificios cívicos, administrativos y religiosos, así como las residencias de los gobernantes y un cenote. Bellas pinturas murales representan escenas de guerra y el culto a la muerte.

A mediados del siglo XV, a raís de una revuelta contra la familia gobernante dirigida por otro linaje dominante de Mayapán, la ciudad fue saqueada y abandonada.